En toen verdween hij en van af dat moment zijn zijn gangen onduidelijk.
Over wat er daarna is gebeurd verschenen in de kranten verschillende speculaties. Voor justitie was de zaak duidelijk: Schallenberg liep van zijn huis naar de vijver en verdronk zich. Einde verhaal voor de Haagse justitie en politie.
De volgende mogelijkheden over de gangen van Schallenberg tijdens de nacht, zijn gebaseerd op contemporaine berichten in de pers. De pers wilde van een mogelijke zelfmoord niets weten.
Een krant laat een Haagse kleermaker later vertellen dat Schallenberg op die avond een telefoongesprek met zijn goede vriend Piet de Waal uit Oudenrijn had afgesproken met de mededeling “Ik kan je nu niet langer te woord staan, want ik sta op het punt naar Dumont te gaan”. Dumont was een van de leiders van een particuliere inlichtingendienst, de SOAN en woonde vijftig meter van de plaats waar de volgende ochtend het lijk van Schallenberg gevonden werd. Een ooggetuige verklaart in de Volkskrant dat hij Schallenberg in de nacht van zijn dood een huis in Den Haag had zien binnengaan, waarin een van de hoofdfiguren (Dumont LW) van de SOAN woonde. Twee en half uur later zag hij Schallenberg in gezelschap van vier personen weer naar buiten komen. Een van hen zou Sweerts zijn geweest, met wie Schallenberg heeft staan praten bij de vijver, vlak bij de plaats waarin de volgende morgen zijn lijk werd gevonden. Sweerts was een in België twee keer ter dood veroordeelde ex-SS-er die aan het einde van de oorlog voor de Britse Counter Intelligence werkte. Hij was chef-du-bureau van Dumont.
Tom Wolf, een van de mensen van SOAN, heeft verschillende keren verklaringen afgelegd over de dood van Schallenberg. Wolf bevond zich op de avond van 13 september in café annex bar Le Petit Bodega, Groot Hertoginnelaan 42b, een trefpunt van verschillende inlichtingendienstmensen, dienst Elsinga, FBI, British Intelligence en Berialieden. Ook Sweerts en Dumont zouden daar die avond zijn geweest. Na sluitingstijd zou Wolf Sweerts en Dumont zijn gevolgd naar Dumonts huis. Even daarna zouden ook Hercules en ene ter Horst bij Dumonts woning zijn gearriveerd. Dumont ontkende dat er die avond een bijeenkomst zou zijn geweest in zijn huis, omdat hij toen in het ziekenhuis aan de Zuidwal lag. Het loog. Hij zou pad de 17de september in het ziekenhuis worden opgenomen.
Schallenberg hoorde niets uit Utrecht omdat de verkopers van de effecten er lucht van hadden gekregen dat de politie aanwezig zou zijn. Zij kwamen daarom de afspraak niet na. Zij hebben Schallenberg evenwel opgewacht toen hij naar de Vaticaanse legatie ging. Schallenberg zou enkelen van hen hebben herkend. Zij vermoorden Schallenberg om te voorkomen dat de politie verdere aanknopingspunten zou krijgen over de herkomst van de effecten en de personen die ze hadden gestolen.
Schallenberg had wellicht de effecten al in zijn bezit en kende de koper. Hij zou zijn vermoord om de effecten zonder betaling in bezit te krijgen.
Schallenberg ging naar de Vaticaanse legatie om de afspraak af te zeggen en op weg daar naar toe of daarna is hem iets overkomen.
Onbekenden wachtten Schallenberg op omdat men wist dat hij een zakboekje en een portefeuille had waarin hij gegevens bewaarde die schadelijk zouden zijn voor bepaalde personen. Hij is om de portefeuille vermoord.
Geen van deze mogelijkheden zijn zondermeer overtuigend. Nu meer dan zestig jaar na zijn dood is het nog steeds niet duidelijk of Schallenberg zelfmoord heeft gepleegd of dat hij vermoord werd.